法院判决房屋归女方，男方拒不配合过户时，女方可通过法律途径强制其履行过户义务。以下分情况说明：
1. 若法院判决书已明确房屋归女方且判决生效，男方仍不配合，女方可直接申请强制执行，无需协商。
2. 男方声称对判决有异议并申请再审，但未获法院裁定中止执行的，女方仍可依据原生效判决申请强制执行，其再审申请不影响当前执行程序。
3. 房屋存在抵押、查封等权利限制的，需先解决这些限制（如涤除抵押权、解除查封），再申请强制执行过户，否则可能无法完成过户。
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法院判决房屋归女方，男方不配合过户时，女方申请强制执行的法律依据为《中华人民共和国民事诉讼法》。
《中华人民共和国民事诉讼法》第二百四十九条规定：“法律文书指定交付的财物或者票证，由执行员传唤双方当事人当面交付……拒不交出的，强制执行。”
因房屋过户属于法律文书指定交付的特定行为义务，男方不配合即拒不履行义务。女方作为权利人，可依据此条向法院申请强制执行，法院有权向不动产登记部门发出协助执行通知书，强制办理过户，无需男方配合，以保障女方顺利实现房屋所有权。
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法院判决房屋归女方，男方不配合过户，以下特殊情况可能影响处理结果：
1. 男方提出执行异议并提供有效证据。若男方以判决生效后房屋产生新权利义务（如男方支付后续必要维修费未获补偿）为由提出执行异议，经法院审查成立，可能裁定中止执行，要求双方先解决费用补偿问题，影响过户进程。
2. 房屋涉及共有权人或第三人权益。若判决未明确房屋归女方个人所有，或存在其他共有权人（如男方父母主张共有），共有权人可能对过户提出异议，法院需审查其主张是否成立，若成立则影响女方单独过户。
3. 不动产登记部门操作限制。若当地不动产登记部门对法院协助执行通知书格式、内容有特殊要求，而法院文书不符合要求，可能导致登记部门拒绝办理，需女方与法院沟通协调，重新出具文书，延长过户时间。
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法院判决房屋归女方，男方不配合过户，女方需注意以下法律风险：
1. 男方恶意转移或处置房屋的风险。若男方在判决生效后、过户完成前，将房屋出售给不知情第三人并办理过户，可能构成善意取得，女方申请强制执行也无法追回房屋，只能向男方主张赔偿，导致所有权落空。
2. 房屋被查封或抵押的风险。若男方对外负有债务，债权人可能在女方申请执行前或执行过程中申请法院查封房屋，或男方将房屋抵押给他人，会导致女方无法顺利过户，需先解决查封或抵押问题，增加维权成本和时间。

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